語言學在台灣的研究，自日本統治台灣始， 日本學者小川尚義、淺井惠倫、伊能嘉矩等研究台灣原住民語言。 日本戰敗後，國民政府來台，董同龢、周法高、林瑜鏗等語言學與語言教學學者來台，開啟了台灣語言學的新幕。雖然日本學者在台灣的語言研究在戰後造成斷層，但在隨政府來台的這些學者引領之下，在台灣以及從台灣出身的語言學者，如丁邦新、梅廣、鄭再發、鄭錦全、龔煌城、湯廷池、李壬癸、鄭良偉、鄧守信、李英哲、黃宣範、鄭恆雄、戴浩一、曹逢甫、何大安、黃正德、李艷惠等，都已經在國內外的語言學界占有一席之地。也因為這些學者的努力，近年來國內語言學研究日益蓬勃，成果日漸受到國際間的重視。同時，在國內的語言學者也感覺到組織一個學會的需要 。國內雖然已經有一個「台灣語文學會」，但該會的主要宗旨為推廣台灣語文，並不全然為語言學的研究，因此而有成立台灣語言學學會之議。  

在 1997 年一年之間，章程草擬小組集會六次，完成了組織章程的草擬工作，並於1998年五月二十三日於台灣大學舉行成立大會，修正通過章程，並選舉學會工作幹部，共選出十五名理事以及五名監事，其中常務理事五名，常務監事一名（鄭恆雄）。依章程應由理事自常務理事中選舉會長及副會長各一名，但李壬癸及黃宣範兩位常務理事經兩次投票以及後來一次通訊投票均為同票，後來利用1998年七月十四日第六屆中國境內語言暨語言學國際研討會於中央研究院開會前再度召開理監事會，討論會長選舉問題，並舉行第四度投票。投票結果由李壬癸教授當選會長，黃宣範教授當選副會長。李會長並於會後商請王旭理事擔任秘書長，經理事會同意後任命，台灣語言學 學會正式開始運作。台大黃宣範教授於 1997 年一月十八日邀請全國各地語言學者於台灣大學語言學研究所召開學會成立第一次籌備會議，出席者共二十三位。會中決定學會的中文名稱為台灣語言學學會，英文名稱為 Linguistic Society of Taiwan，並選出（依姓氏筆劃）王旭，江文瑜，李壬癸，姚榮松，殷允美，陳淑嬌，曾守得，黃自來，黃宣範，董忠司，鄭秋豫，鍾榮富等十二位為組織章程草擬小組，由黃宣範教授擔任召集人。

學會成立之前，在章程草擬小組中曾討論向政府立案的可能。當時因為政府不允許以「台灣」的名義成立全國性社團，所以一直遲遲未向政府提出立案的申請。至1999年五月間內政部宣佈取消這項限制，理事會乃決議向內政部提出立案之申請，並於並於同年六月十二日獲准籌設。為此，原訂於六月十九日舉行的會員大會也臨時改為發起人會議，並在會議中選出原任之十五位理事以及五位監事為籌備委員，並由原任會長李壬癸教授擔任籌備委員會主任委員。同時在會後之第一次籌備委員會議中，修正通過了本會章程草案。

正式的成立大會於1999年十一月二十七日在台北市師大博愛樓舉行，由籌備委員會主任委員李壬癸教授擔任主席。會中修正通過本會章程，並選出第一屆理監事會，由黃宣範教授擔任理事長，李壬癸教授擔任副理事長，並由理事長邀請黃美金教授擔任秘書長，經理事會同意後任命。本會由此正式成立。1999年十二月十日籌備委員會將會務移交給第一屆理監事會，會務正式開始運作。